Introdução: Ictiofitiríase é uma doença que tem o protozoário Ichthyophthirius multifiliis como agente etiológico. É um parasita de peixes de água doce de baixa especificidade. Em cativeiro, o parasita é comum dada as condições de elevadas densidades, mas a ocorrência em ambiente natural é pouco documentada. O presente trabalho descreve o primeiro registro de I. multifiliis em larvas de peixes de ambiente natural. Objetivo: Descrever e registrar a infecção de I. multifiliis em larvas de Eigenmannia sp. coletas em um trecho do rio São Francisco. Metodologia: Utilizou-se rede de ictioplâncton (malha 300 ?m) para as coletas no Médio São Francisco em Xique-Xique (BA) no período reprodutivo de novembro/2019 a março/2020 (ciclo I) e novembro/2020 a março/2021 (ciclo II). Resultados: Coletou-se 5.375 larvas, sendo deste total 19 larvas de Eigenmannia sp., das quais três estavam infectadas, uma no ciclo I e duas no ciclo II. A infecção pode ser decorrente da introdução do parasito por peixes provenientes de pisciculturas, onde altas densidades favorecem o desenvolvimento de I. multifiliis. A intensidade média na primeira coleta foi de 5,5 parasitos/peixe infectado e na segunda coleta 1 parasito por peixe infectado, totalizando, nas 3 larvas, 12 parasitos no tegumento. Conclusão: O presente trabalho corresponde ao registro inédito na literatura de I. multifiliis em larvas de peixe de água doce na região Neotropical, bem como a primeira ocorrência do parasito em ambiente natural no rio São Francisco. A ocorrência desse organismo em formas larvais é preocupante, pois tem o potencial de comprometer a higidez e o recrutamento de espécies nativas.
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